Wichtigstes Instrument sind die Betriebsbesichtigungen, bei denen Lebensmittelkontrolleure vor Ort überprüfen, ob alle Vorschriften eingehalten werden. Die Besuchsfrequenz kann - je nach Risikostufe - zwischen einmal täglich und alle drei Jahre betragen. Außerdem lassen sie Proben im Labor untersuchen, die vorgeschriebene Quote beträgt fünf Proben pro 1000 Einwohner. Daneben müssen die Betriebe Eigenkontrollen durchführen.

Bei Fleischprodukten kommen zusätzlich Veterinäre zum Einsatz: Sie müssen vor der Schlachtung jedes Tier begutachten, ob es gesund ist. Solch eine strenge Kontrolle gibt es bei keiner anderen Produktgruppe.

Bei Lebensmitteln, die importiert werden, wird der Zoll hinzugezogen. Er arbeitet mit den kommunalen Kontrolleuren zusammen und kann Ware aufhalten. Bei Verstößen wird der Importeur zur Verantwortung gezogen.

Bei einer Betriebseröffnung prüft die Gewerbeaufsicht umfassend, ob der Unternehmer die Lebensmittelsicherheit garantieren kann. In einer Ersteinstufung wird festgelegt, wie häufig die Lebensmittelkontrolleure Betriebsprüfungen durchführen sollen, anfangs gewöhnlich sehr viel häufiger als bei Betrieben, die seit Jahren unauffällig sind.